Nell’aprile del 1941 muore la mamma di Arnaldo; a settembre si sposa la nipote Anna Maria che va a vivere a Napoli. Canepa continua a gestire, insieme ai fratelli, il ristorante con tutte le difficoltà di reperimento dei generi alimentari stante gli ostacoli posti dal regime.
Alcuni suoi collaboratori si adoperano per fargli ottenere un’onoreficenza pontificia e tutti prenderanno a chiamarlo “commendatore” ma Arnaldo non ostenta alcun orgoglio per questo.
L’8 dicembre del 1941 l’assemblea generale delle conferenze della S. Vincenzo approva l’istituzione di una commissione a favore dei fanciulli abbandonati della periferia di Roma, la “Pro-Infanzia”, di cui Canepa diventa Presidente nel 1942.
Nel 1943 i Canepa decidono di vendere il ristorante.
In quegli anni Arnaldo conosce il giovane Ugo Blasetti che, con un gruppo di studenti dell’Azione Cattolica ha cominciato a dirigere un Oratorio vicino a san Pietro. Canepa e Blasetti giungono a maturare un progetto di Opera che, alla diretta dipendenza dell’Autorità Diocesana, svolga un servizio nella Diocesi al fine di promuovere l’Oratorio nelle parrocchie romane, coordinarne le attività, fornire aiuti e sussidi e curare la formazione religiosa e didattica dei catechisti.
La guerra non sconvolge né turba minimamente lo zelante impegno di Canepa che continua a tenere contatti epistolari con molti dei suoi ragazzi al fronte. Nonostante l’occupazione nazi-fascista di Roma e i bombardamenti alleati che colpiscono anche il quadraro, Canepa non chiude mai l’Oratorio. Costretto dal coprifuoco, fa tenere il catechismo pomeridiano dalle due alle cinque.
Intanto organizza e sostiene finanziariamente la prima raccolta di materiale didattico per gli Oratori e tale opera prende il nome di “Sinite Parvulos”. Gli Oratori, infatti, cominciano a crescere e c’è bisogno di palloni, giochi, sussidi e catechismi. I catechisti possono rifornirsi gratuitamente del materiale necessario. Arnaldo fa stampare alcuni testi tra cui il libretto “La Messa dei fanciulli” in lingua italiana per aiutare i bambini a seguire la celebrazione eucaristica in quegli anni recitata in latino.
Nel 1945 nasce la “Federazione Oratori Romani” che riunisce i catechisti laici e prende poco dopo il nome definitivo di “Centro Oratori Romani” (C.O.R.). Canepa ne è il Presidente, Blasetti il Vice-Presidente e vi partecipano un gruppo di consiglieri provenienti dai circoli dell’azione cattolica o dagli stessi Oratori parrocchiali. Il C.O.R. si assume l’impegno di formare direttamente i catechisti degli Oratori con la collaborazione dei parroci. Nell’estate di quell’anno si tiene a Castelgandolfo il primo incontro estivo per la formazione spirituale e didattica dei catechisti.
Nel 1945 Monsignor Boyer, direttore del nascente ufficio catechistico del Vicariato, è nominato dal Cardinal Vicario assistente ecclesiastico del C.O.R. Gli oratori, nell’anno catechistico 1944-45, sono già ventuno e radunano duemilacinquecento ragazzi, seguiti da oltre cento catechisti.
Canepa si libera di tutte le sue attività offrendone il ricavato al C.O.R. Lascia anche la direzione dell’Oratorio di Santa Maria del Buon Consiglio ad un giovane catechista della parrocchia. Dagli Oratori nascono anche le prime vocazioni e Canepa segue i seminaristi con fitte corrispondenze epistolari.
Arnaldo, rimasto solo, dal momento che anche la sorella Olga è andata a vivere ad Acilia con il marito, si trasferisce in una piccola stanza presso la chiesa dei SS. Patroni in via Circonvallazione Gianicolense, oggi SS. Francesco e Caterina. Vi resterà per i successivi quattordici anni, facendo vita comune con i sacerdoti.