Di tanto in tanto parla della morte. Lo fa nei colloqui personali, mostrando di guardare al futuro con serenità e tranquillità di spirito, come di chi è pronto all’incontro con il Padre. Mangia pochissimo: una mozzarella, un uovo, una tazza di latte, un pezzetto di pane. Consiglia di risparmiare sul centesimo per gli Oratori. Soffre se vede compiere sprechi.
Alla soglia dell’ottantesimo compleanno, decide di recarsi in pellegrinaggio a Lourdes.
Arnaldo Canepa non lesina fatica e non si lamenta dei malanni dell’età che provocano non pochi dolori. La sofferenza più grande è non poter andare più in Oratorio. Ormai fa fatica ad affrettarsi per prendere un autobus affollatissimo, dopo una giornata di lavoro e tornarsene a casa. Cammina curvo, a piccoli passi e ben presto non potrà spostarsi più in tram. I catechisti lo vanno a prendere in auto in clinica per accompagnarlo a visitare qualche Oratorio lontano.
Arnaldo deve subire un intervento chirurgico. Benché eletto presidente a vita, ha ceduto pubblicamente le redini del C.O.R. a Ugo Blasetti. Si duole però di non poter fare più quanto desidera per i suoi Oratori. In realtà non smetterà fino alla fine di occuparsi attivamente di essi, tenendosi informato di tutto.
Il C.O.R. si è ormai trasferito nei palazzi Lateranensi a San Giovanni e la Sinite Parvulos viene invece ospitata nei sottoscala del Tribunale.
Agli inizi del 1966 è costretto per motivi di salute a chiedere dispensa dalle riunioni dei terziari francescani. Conta ormai ottantaquattro anni e ha un fisico logorato. Non disdegna, se chiamato, la visita a qualche Oratorio come fa a N.S. di Guadalupe e ad ottobre dello stesso anno è al quadraro per partecipare al Consiglio dei catechisti.
Il 2 novembre, le suore si accorgono che non è in camera e non ha nemmeno cenato. Verso le ventidue lo trovano in un bagno della clinica, riverso a terra, in coma. Lo ha colpito un’emorragia cerebrale. Al suo capezzale si riuniscono numerosi prelati, consiglieri del Cor, catechisti e amici. Muore con il volto sereno, quasi sorridente. Le esequie vengono celebrate il 4 novembre, un giorno di abbondante pioggia, nella Chiesa di Santa Maria degli Angeli, la sua prima Parrocchia. Arnaldo Canepa viene sepolto al Verano nella tomba di famiglia e la salma verrà poi solennemente traslata nel 1989 nella Chiesa parrocchiale di Santa Maria del Buon Consiglio al Quadraro.
Il 26 Maggio 1993 il Cardinale Vicario, Camillo Ruini pubblica l’editto con il quale dà inizio all'iter per avviare la Causa di Canonizzazione di A. Canepa. Il 26 Febbraio 1994, presso il Seminario Romano, si apre ufficialmente la Causa ed Arnaldo Canepa è proclamato Servo di Dio. Dopo la raccolta di testimonianze e dati biografici ed in seguito ad accurata relazione da parte della Commissione Storica, la fase diocesana del processo si conclude solennemente il 30 Novembre 2001.